In 1537 vroeg landvoogdes Maria van Hongarije aan het stadsbestuur geld voor het grote leger dat Karel V wil financieren om Frankrijk te weerstaan. Gent was wel bereid om manschappen te leveren voor die militaire actie, maar niet om ze mee te financieren. Er volgden onderhandelingen. De keizer bleef echter bij zijn eis dat Gent zijn aandeel betaalt. Gent volharde in zijn weigering en vroeg rechtstreekse onderhandelingen met de keizer, die op dat moment in Spanje verbleef. De keizer reageerde niet.
In de stad werd men zich er meer en meer van bewust dat de weigering risico’s inhield. Desondanks bleef het bestuur koppig en het geschil escaleerde. In 1539 komt het tot een ware opstand. Het was vooral de verpauperde bevolking van boeren en arbeiders die in opstand kwam en een einde wilde maken aan de miserie en de terreur van de inquisitie. Het stadsbestuur eiste bovendien alle voorrechten van weleer terug. Er werd zelfs een algemene staking afgekondigd. De landvoogdes oordeelde dat er moest worden ingegrepen en vroeg haar broer uitdrukkelijk zelf naar de Nederlanden te komen om de orde in Gent te herstellen.
Voor de keizer was nu de maat vol. Hij zou naar Gent komen. Daar voelde men de bui al hangen, een delegatie ging hem tegemoet. Onderweg werden die Gentenaars door de vorst ogenschijnlijk vriendelijk onthaald. Maar Karel was duidelijk niet van plan zich door die stad onder druk te laten zetten.
Op 14 februari 1540 trok een legertroep onder aanvoering van de keizer Gent binnen. Hij nam zijn intrek in de vorstelijke residentie het Prinsenhof. Blijkbaar maakte dit op het Gents bestuur nog geen grote indruk, want het bleef aandringen om te onderhandelen, o.m. over het behoud van het oude stadsrecht.
Op 24 februari -op zijn veertigste verjaardag- liet de keizer de schepenen vorderen op het Prinsenhof opdat ze hun eed van trouw zouden hernieuwen. Daar werd ook een akte van beschuldiging voorgelezen waarin de Gentenaars aangeklaagd werden voor het zwaarste mogelijke misdrijf in die tijd: majesteitsschennis. Tot hun ontzetting volgtde daarna de verbeurdverklaring van leven, bezit en stadsrecht van alle burgers van de stad. Diezelfde dag werden op bevel de keizer ook een aantal weerspannige Gentenaars onthoofd.
Het bestuur verweerde zich tevergeefs. Uiteindelijk gebood Karel V de Gentse stadsbestuurders om op 29 april opnieuw voor hem te verschijnen en terwijl ze geknield voor hem zaten liet hij het vonnis voorlezen. Ze werden schuldig bevonden aan majesteitsschennis en verloren al hun rechten. De bezittingen van de stad en de ambachten werden geconfisqueerd. Alle verdedigingsgrachten moesten worden gedempt en de versterkte poorten worden gesloopt. Met de gerecupereerde materialen zou een dwangburcht gebouwd worden op de plaats van de Sint-Baafsabdij, die hiertoe werd afgebroken. Gent moest zijn aandeel in de bede (belasting) van 1537 betalen en daarenboven een boete van 150000 gulden en een jaarlijkse rente van 6000 gulden.
Gent moest ook een ereschuld tegenover de vorst vereffenen. Op 3 mei 1540 moesten alle schepenen , stadsambtenaren, dertig poorters, de dekens van de wevers en de kleine neringen allemaal blootsvoets en in zwarte tabbaard en ook nog eens 318 leden van de kleine neringen, 50 wevers en 50 creesers, eveneens blootvoets en in hun hemd, maar met een strop om hun hals die duidelijk maakte dat zij het verdienden om opgehangen te worden, voor de keizer verschijnen in het Prinsenhof om schuld te bekennen en om zijn genade af te smeken. Die dag en volgende dagen werden nog verschillende gevangenen opgehangen.
Daarenboven kreeg Gent een totaal nieuw stadsrecht dat de geschiedenis inging als de Carolijnse Concessie. In het nieuwe stadsrecht verloren de ambachten elke vorm van politieke macht en ook met hun controle over het economisch leven in de stad werd korte metten gemaakt. Van deze genadeslag zouden zij nooit meer recupereren. De maatschappelijke organisatie van de stad werd totaal vernieuwd. Gent was hard gestraft voor zijn onwil om de vorstelijke belasting te betalen en om zijn opstandigheid. De machtigste vorst van Europa liet niet met zich sollen!